Het is 2033. Twintig jaar geleden heeft een nucleaire oorlog de beschaafde wereld in puin gelegd. In Moskou heeft een klein deel van de bevolking zijn toevlucht gevonden in de grootste atoomvrije schuilkelder op aarde: de metro.
Hier, diep onder de grond, overleven een paar duizend mensen op enkele tientallen stations, verdeeld over een handvol kleinere en grotere confederaties van verschillende signatuur – communistisch, fascistisch, liberaal-kapitalistisch – die in staat van Koude Oorlog met elkaar verkeren en worden verbonden door gevaarlijke, geheimzinnige metrobuizen. Boven de grond heeft de straling elk menselijk leven onmogelijk gemaakt en nieuwe levensvormen doen ontstaan. Nu dreigen deze onmensen de metro binnen te dringen, om wat resteert van de mensheid te vernietigen.